本所針對國內健康與衛生問題之現況，並配合行政院衛生政策之發展以及國際研究之最新驅向，規劃出9個發展方向與重點：

1.兒童臨床心理學研究：(1) 發展與心理病理學之研究--採發展取向探討發展病理觀點的基本原理，強調以生理、心理及社會文化交互作用來了解正常與異常的發展歷程，利用多層次分析與多重領域取向研究高風險與心理異常個體。(2)兒童心理衡鑑--定義出不同年紀、性別中構成兒童正常和偏差行為的要素，鑑別出偏差行為的原因和關聯，發展治療與預防的發展/評估工具，以及預測異常發展的長期結果。(3)兒童心理治療-發展有效的治療模式，以減輕兒童的異常心理與行為，增加兒童的適應行為，並促進兒童的整體發展。並且，特別著墨於注意力缺陷過動症兒童、早產兒之心身發展障礙與兒童虐待等問題之發展病理探討、評估方法之發展及實徵性有效介入之應用等。

2.復健心理學研究：對先天性或後天性失能者扮演增益心智功能之專業介入者與福祉促進者的角色，推動相關研究與專業功能於醫療體系、家庭、社區、教育、職場以及法令體制建構等層面。復健心理學領域以關懷社會與個體成長之角度，應用臨床心理專業盡可能地依個體生理、心理及社會條件上來發揮其最大潛能。

3.臨床神經心理學研究：結合臨床心理學與腦神經科學，聚焦於探討個體大腦功能改變之心理病理機制與開發偵測大腦功能之心理學工具與指標。透過對於大腦功能改變之早期偵測、診斷、手術前後或治療過程中大腦功能之監控與分析，來鞏固民眾之腦部健康，進而提升生命品質。

4.校園臨床心理學：融合健康心理學、社區心理學、復健心理學、發展心理學、變態心理學等專業知識於教育現場進行積極多樣層面的研究與應用，探討校園心理健康之重要議題與其相關處遇策略，並與校園教學團隊建立合作與學習平台，推動各種心理功能異常發展之三級預防模式之研究與應用。

5.醫療系統之一般臨床心理學: 針對醫療系統之各類科疾患所提供之一般臨床心理專業服務工作，含衡鑑與心理專業介入之學理與效益研究。重要議題包括:危機介入、健康行為促進、特定疾病適應、開刀焦慮、防跌、醫療與認知變化、罕病支持、職業重建協助以及家庭資源等。

6.職場心理健康：運用統整性心理學學論(包括:正向心理學、健康心理學、臨床心理學、神經心理學等)於職場進行三級預防照顧員工身心健康與發展心理資產，讓員工增進心理能力與性格特色而避免心理疾患、發揮潛能。相關研究主要包括:心理適應力衡鑑工具建構與發展、關鍵心理能力強化，以及早期心理疾患之篩檢等。

7.物質濫用之病因及防治：本所將致力於研究成癮與物質濫用行為之發生與持續之遺傳、生理、心理與行為及社會文化等危險因子，以提出有效之治療與預防策略，並培養具有此方面之知識與技巧的研究與服務人才。

8.憂鬱與自殺之病因及防治：本所另將結合本院醫學系之臨床與基礎學科以及與本校社會科學研究中心合作，從事憂鬱與自殺之遺傳、生理、心理及社會文化等因素之探討，並培養具有憂鬱與自殺防治之學術研究與實務人才。

9.精神疾病病因及分子遺傳學之研究：探討一些主要精神疾病，如酒癮、憂鬱症、雙極症等的可能候選基因，並與各種精神疾病評量工具及量表相結合；可從多方面了解精神疾病的生物、心理及社會成因。